按照“先节水后调水、先治污后通水、先环保后用水”的原则，围绕南水北调东线水源区保护和建设调水沿线“清水走廊”的目标，在国务院南水北调办的协调下，国务院有关部门各司其职、各负其责指导地方开展治污工作。江苏、山东两省树立环保优先的发展理念，落实治污的主体责任。
江苏省将调水源头取水口划为饮用水源?；で?，实施农业面源污染控制、引江河道与湿地保护、生态林网与生态廊道、生态环境监测预警系统建设，并在输水沿线地区建设生态农业示范县。
此外，山东、江苏两省继续加大工业结构调整力度，深化工业点源污染防治，提高工业废水达标排放率。根据辖区内河流环境容量，严把新建项目审批关，提高环境准入门槛，从源头上控制污染源。关闭多家不符合国家产业政策、规模小、效益低、污染重的造纸、酿造、化工、印染等污染企业。提高部分行业污染物排放标准，限制高污染行业。在调水沿线重点污染源安装在线监控装置，严格污染物总量监测。目前，两省已完成污染治理的工业企业废水达标排放率在９０％以上。
当过滤到一定时间后，随着滤袋表面的粉尘增加，除尘器阻力上升，当阻力上升到一定数值时，电气控制系统发出清灰信号，出口支管气管从袋口喷入，滤袋急速扩线，滤袋外表面的粉尘被拦落下来，落入下部锥形灰斗，最后一个脉冲阀喷吹结束，高炉煤气干法脉冲袋式除尘器继续保持静止状态，使筒体内较细的粉尘有一个静止沉降的过程，此过程结束，出口支管气动蝶阀和上球阀开启，除尘器进入正常过滤状态，同时下部球阀开启经叶轮给料机，完成了一个箱体的清灰过程，上述过程中各个阀门的开启与关闭，单箱体相对粉尘浓度的测试，都由PLC系统控制，这样周而复始的工作，荒煤气得到净化。
根据山东、江苏两省关于南水北调水污染防治工作阶段性目标的自查报告及基础档案中提供的数据，与２０００年规划年相比，２００７年ＣＯＤ入河量下降了２９万吨，下降了８０％；氨氮入河量下降了２．８２万吨，下降了８４％，考核断面水质提高幅度大，污染物入河量削减明显。